Die Ankunft der Spanier unter Francisco Pizarro im Jahre 1532 leitete das Ende der kurzen Herrschaft der Inka ein. Der Zeitpunkt war günstig für die Spanier. Das Reich war durch einen Bruderkrieg zwischen den gemeinsamen Herrschern Atahualpa und Huáscar geschwächt und viele unterdrückte Völker sahen in den Spaniern einen Verbündeten, um ihre Freiheit wieder zu erlangen. Mit einem Trick überlistete Pizarro Atahualpa in Cajamarca und ließ ihn nach einem Schauprozess hinrichten. Atahualpas Ermordung war ein großer Schock für die Bevölkerung, da der Inka für sie einem Gott gleich kam. Ihr Widerstand wurde kurzfristig stark geschwächt. Letztendlich kann man sagen, dass ein Heer von knapp 200 mit Gewehren bewaffneten Reitern ein 40.000 Mann starkes Heer besiegte. Die Spanier gründeten für die Spanische Krone das Vizekönigreich Peru, das sich fast über den gesamten Südamerikanischen Kontinent ausdehnte.

Im Jahre 1780 gab es einen großen Aufstand unter dem indigenen Führer Tupac Amaru II mit dem Ziel der Gleichberechtigung aller Völkergruppen, der aber brachial niedergeschlagen wurde. Ab diesem Zeitpunkt unterdrückten die Spanier die Indigena noch strenger und verboten ihre Sprache, Symbole und Bräuche.